Proteinový vědec Jan Velecký: Strojové učení může zazářit tam, kde už lidská představivost nestačí
Jan Velecký je výzkumník z centra RECETOX. Ve své disertační práci se zabývá metodami strojového učení pro proteinové inženýrství.
Doktorandka Lucie Ráčková, působící ve výzkumné skupině Environmentální fyziologie, se na RECETOXu věnuje trajektorii akutního a chronického stresu v izolačních experimentech. Její výzkumné téma ji zavedlo až na vzdálenou Antarktidu. Jako členka polární expedice na stanici J.G. Mendela na ostrově Jamese Rosse zjišťovala, jak vnímají polárníci odtržení od svého každodenního života, a zda se cítí ve stresu. Přečtěte si, proč se vůbec stresem na Antarktidě zabývat, jak vypadá život na polární stanici nebo co Lucii čeká v budoucnu.
Když se vrátíme na začátek před tvou expedici na Antarktidu. Proč jsi zvolila pro své vysokoškolské studium právě Přírodovědeckou fakultu Masarykovy univerzity?
Studovala jsem umělecké gymnázium a myslela jsem si, že se budu věnovat hudbě a bude ze mě profesionální hudebník. Když jsem se ale rozhodovala, kam pokračovat po střední škole, řekla jsem si, že by nebylo špatné zkusit i něco jiného. Přihlásila jsem se tedy na Přírodovědeckou fakultu a rovnou na dva bakalářské obory – Antropologii a Experimentální biologii. Bavilo mě, že se při studiu antropologie věnuji zkoumání biologického a sociokulturního pohledu na člověka a v rámci experimentální biologie, přesněji antropogenetice, kterou jsem si zvolila, se seznamuji i s laboratorní prací a genetikou. Na magisterském studiu jsem pokračovala už pouze v oboru Antropologie a jsem ráda, že jsem u ní zůstala.
V současné době studuješ doktorský studijní obor Environmentální fyziologie – Environmentální zdraví na RECETOXu. Proč právě RECETOX pro doktorské studium?
Během studia antropologie jsem se věnovala tématu stresu, a to zejména prenatálnímu stresu. Zaujalo mě to natolik, že jsem v jeho zkoumání chtěla pokračovat i dále. Už během bakalářského i magisterského studia jsem vyhledávala zajímavé přednášky a možnosti, jak se aktivně zapojit do výzkumu. Navštívila jsem přednášku paní profesorky Julie Dobrovolné o měření stresu pomocí nové technologie ENTRANT, kterou paní profesorka a její tým vyvinuli. Jejich přístup mě skutečně zaujal, protože se jednalo o přímé měření stresu matematickými rovnicemi. Nabídla jsem paní profesorce pomocnou ruku, protože jsem se o tématu chtěla dozvědět více, a dnes jsem její doktorskou studentkou a členkou jejího výzkumného týmu.
A jak ti během studia přišla do cesty právě polární expedice na Antarktidě?
Téma mého doktorského studia jsou izolační experimenty. Přesně se moje téma jmenuje Trajektorie akutního a chronického stresu v izolačních experimentech se zaměřením na izolované geografické oblasti a kosmický výzkum. Na Antarktidě jsou členové polární expedice v izolaci od okolního světa, a proto se výzkum na jižní polokouli vyloženě nabízí. Izolačními experimenty jsem se začala zabývat ještě v době před vypuknutím covidové pandemie, kdy jsme se všichni z ničeho nic ocitli v izolaci a každý takový izolační experiment zažil na vlastní kůži.
Změnila pandemie tvůj výzkum?
Určitě ano. Najednou měl každý z nás zkušenost s izolací. Všichni jsme se izolovali, abychom zabránili přenosu nemoci, a tím jsme získali zkušenost, která tu dříve nebyla. Když srovnám izolaci v době pandemie s izolací polárníků na Antarktidě, mají rozhodně společné prvky, na druhou stranu kontext a vnitřní prožívání je zcela jiné. Na Antarktidu členové expedice odjíždějí zcela dobrovolně, zatímco izolace v době koronaviru dobrovolnou nebyla. První rok mého doktorského studia jsem se tedy zcela nečekaně začala zabývat izolačním stresem v době koronavirové pandemie. Výsledky studie RESTRESS jsou aktuálně vyhodnocovány a připravujeme článek.
Jak probíhá taková příprava odjezdu na Antarktidu?
Návrh na studii zabývající se izolačním stresem v geograficky odlehlých oblastech jsme podali asi v březnu 2021. V září jsme dostali potvrzeno, že se stanu členem expedice na Antarktidu. Můj pobyt na Antarktidě byl tématem již od začátku doktorského studia, ale až v září 2021 dostal reálné obrysy. Ve dvou měsících jsme tedy museli připravit vše pro realizaci studie v polárních oblastech. Kromě příprav na samotný sběr dat jsem se zúčastnila několika informačních schůzek s vedoucími expedice a také bylo nutné projít povinným lékařským vyšetřením, zda je člověk dostatečně fyzicky zdráv, aby expedici zvládl.
Kolega doktor Filip Haiduk z Ostravské univerzity na polární stanici fungoval jako expediční lékař, zároveň se zabýval i fyzickou zdatností polárníků a jejich schopností adaptace na tamní podmínky. Před odjezdem jsme se tedy podrobili i velmi detailnímu zdravotnímu vyšetření, které se stalo součástí jeho výzkumné práce. Toto podrobné vyšetření však bylo dobrovolné.
A co samotná cesta na jižní polokouli? Přece jen v té době u nás vrcholila koronavirová pandemie a cestování nebylo snadné.
Před odjezdem se někteří členové expedice dobrovolně izolovali, ačkoliv to nebyla podmínka. Podmínkou však bylo, aby byl každý člen výpravy naočkován proti onemocnění COVID-19. Odlétali jsem z Vídně do španělského Madridu a následně do Santiaga de Chile, kde jsme se všichni podrobili PCR testům a zůstali v povinné 10denní hotelové karanténě. Po karanténě jsme měli odletět na ostrov Jamese Rosse, kde je Mendlova polární stanice. Kvůli nepřízni počasí byl první let zrušen a jeli jsme až o den později. Měli jsme velké štěstí, protože navzdory koronavirovým opatřením bylo naše cestování naprosto bezproblémové.
A co po příjezdu na Antarktidu? Zažívali jste stres?
Nemůžu mluvit za všechny, ale pokud mluvím ze své osobní zkušenosti, a ne jako výzkumník, náš příjezd byl bez větších obtíží. Pokud nepočítáme mořskou nemoc, kterou trpěla většina z nás. Po příjezdu jsme museli odzimovat polární stanici a připravit vše pro náš dvouměsíční pobyt. Každý z nás měl svůj úkol, a práce probíhaly naprosto plynule.
Je otázka, co myslíte, když se řekne stres. Stres je stav, do kterého se organismus dostává, pokud se setká s nějakým faktorem v prostředí, na který se musí adaptovat. Z mého pohledu naše adaptace proběhla dobře.
A v průběhu pobytu?
Na Antarktidě je naprosto jiné prostředí a člověk je osvobozen od civilizačních stresů. Není tam žádná doprava, vizuální smog ani shon z běžného života – to může přinášet úlevu. Na druhou stranu přichází situace, které v normální civilizaci člověk nezažil. Vždy záleží na adaptačních mechanismech jednotlivce. Každý člen výpravy je odkázán sám na sebe a na zbytek výpravy. Dojde-li k technické závadě, je možné ji opravit pouze do určité míry. Mě samotné se pokazil pracovní počítač, doma bych se podívala na YouTube nebo ho zanesla do opravny, ani jedno ani druhé na Antarktidě není, proto je nutné být kreativní a hledat východiska. Naštěstí jsem já sama měla náhradní počítač, a proto to nebyl až takový problém, ale přece jen náprava technických problémů může být značně náročná.
Na Antarktidě není typický pracovní týden, kdy pět dní pracujeme a dva odpočíváme. Život polárníků se řídí podle počasí. Dobré počasí je nutné využít pro sběr vzorků a je jedno, jaký den v týdnu právě je. Často se tedy stávalo, že jsme pracovali i několik dní v kuse bez víkendu nebo volna, protože přeje-li na Antarktidě počasí, je nutné toho maximálně využít.
A další věc, která mě napadá a může být stresující, je nutnost kooperovat v rámci týmu. Já si náš tým nemůžu vynachválit, byli jsme opravdu skvělá parta a navzájem jsme si pomáhali. To, že je ale potřeba svoje denní činnosti řídit i podle osobních potřeb ostatních nebo výjezdů mimo polární stanici za účelem sběru dat, může být taktéž stresující.
A také je nutné zmínit odloučení od rodiny a blízkých, s nimiž je možná komunikace pouze prostřednictvím e-mailu. Posílání fotek se nedoporučuje, protože se opravdu pomalu stahují a odesílají, nejlépe je posílat pouze text v textovém formátu a nic víc.
Jak jsi na Antarktidě sbírala data?
Sběr dat probíhal prostřednictvím dotazníků, kognitivních testů (rychlost reakce, rozhodovací schopnost), přístroje ENTRANT, který měli výzkumníci na sobě při kognitivních testech, kdy se měřila intenzita stresové reakce. Každý účastník expedice měl také chytré hodiny, které měřily srdeční tep, a to jednou za minutu. Během noci však bylo nutné tep měřit častěji, proto se hodinky musely přepnout do modu „spánek“. S jednotlivými účastníky jsem dělala také pravidelné rozhovory.
Jak často měření probíhalo?
Každý účastník expedice vyplňoval každý týden dotazník a jednou za dva týdny se podrobovali měření ENTRANTEM a kognitivními testy. Rozhovory s účastníky expedice jsem vedla před odjezdem, během karantény v Chile a poté v rámci prvního týdne na stanici a v druhé polovině pobytu. Následovat budou rozhovory po návratu. Vyhodnocení bude trvat několik měsíců. S analýzou dat mi pomáhají zkušené kolegyně paní doktorka Veronika Eclerová a magistra Daniela Kuruczová. Paní profesorka Julie Dobrovolná je supervizorkou celého projektu.
Co budou další kroky po analýze získaných dat?
Nejprve zodpovíme výzkumné otázky a dále bude následovat publikace vědeckých článků. Podařilo se nám zachytit už nyní věci, které při polární expedici fungují, a které by bylo dobré podpořit i v dalších expedicích. Každopádně více budeme vědět až dle výsledků studie.
Během expedice na Antarktidě v Evropě vypukla válka na Ukrajině. Jak jste se dozvídali informace o světovém dění?
Dozvídali jsem se informace z domova prostřednictvím rodinných příslušníků a přátel a od nich jsme se dozvěděli i o vypuknutí války na Ukrajině. Jednalo se o zprávu, která zasáhla, přímo či nepřímo, nás všechny. Určitě to vytvořilo prostor pro určitý stres. Přece jen Evropa je propojená a někteří z polárníků mají na Ukrajině své přátele. Takovou informaci rozhodně nikdo z náš nečekal.
Mohla tato zpráva ovlivnit měření stresu?
Prioritou výzkumu bylo zjistit, jaký stres zažívají polárníci. Výzkum neměl sledovat polárníky v naprosté izolaci, byla snaha zachytit, jak polárníci fyziologicky prožívají stres a k tomu patří i to, že mají přístup k informacím. Měřili jsme odpověď organismu. Těsně před návratem proběhlo šesté měření a tam byl fyziologický stav zachycen po zjištění situace v Evropě.
A co každodenní život na polární stanici?
Celkově nás bylo na stanici 16 členů posádky. Každý den měla jiná dvojice službu a vařila pro zbytek posádky, prala prádlo a podobně. Kdo zrovna nepracoval na svém výzkumu, pomáhal při údržbě polární stanice, například jsme na stanici malovali.
A co se týče jídla, měli jsme se opravdu skvěle. Pekli jsme si chleba, a dokonce byly i croissanty v neděli. Z Chile jsme měli dostatečné zásoby čerstvé i mražené zeleniny a ovoce, a když ty došly, přišly na řadu kompoty. Rozhodně jsme ale jídelně nestrádali. Smích.
A stačí být na Antarktidě pouze dva měsíce? Postačí to pro výzkum?
Pro zodpovězení výzkumných otázek to určitě stačí, ty jsou formulovány tak, že polárníci na Antarktidě jsou pouze po tuto dobu.
A osobně? Stačily dva měsíce?
Zůstala bych déle a ráda bych se vrátila znovu. Příroda byla překrásná.
Když svůj pobyt hodnotíš zpětně, jak velká zkušenost to byla?
Byla to velká a zároveň skvělá zkušenost, za kterou jsem moc ráda. Navíc šlo o moji první zkušenost s výzkumem v terénu. Před Antarktidou jsem v roli výzkumníka sbírala data několikrát, ale to buď v laboratorním prostředí nebo od respondentů, kteří se dobrovolně do výzkumu přihlásili a přišli přímo vyplnit potřebné dotazníky nebo absolvovat rozhovory. Antarktida v tomto byla úplně jiná.
Vím, že se jednalo u tebe o první izolační experiment, ale co další možnosti…
Kdyby byla možnost podívat se do vesmíru způsobem, že by měl člověk rozumné spojení se stanicí, aby se mohl vrátit, tak bych do toho šla. Smích. Ráda bych se podívala na mezinárodní kosmickou stanici. Řídím se mottem, že nic není nemožné.
A co tě teď čeká?
Mám před sebou stáž u kolegů v Universidad de Cádiz, kteří spolupracují s NASA a ESA (Evropskou kosmickou agenturou) a zabývají se behaviorální psychologií v rámci izolačního experimentu. Také spolupracují i s Astroland Interplanetary Agency, kdy je simulováno prostředí Marsu v jeskyni ve Španělsku. Jedná se o další izolační experiment. Pokud by se mi naskytla tato příležitost, ráda bych jí využila.
Lucie, děkuji ti za tak inspirativní rozhovor. Držím palce, aby ti vše vycházelo podle plánů.
Jan Velecký je výzkumník z centra RECETOX. Ve své disertační práci se zabývá metodami strojového učení pro proteinové inženýrství.
Ivan Holoubek je jednou z ustředních postav, které v roce 1983 stály za založením nynějšího centra RECETOX. Letos na podzim vydal knihu a i jako emeritní profesor Masarykovy univerzity se nepřestává zajímat o dění kolem a nabízet svůj odborný pohled médiím.