Proteinový vědec Jan Velecký: Strojové učení může zazářit tam, kde už lidská představivost nestačí
Jan Velecký je výzkumník z centra RECETOX. Ve své disertační práci se zabývá metodami strojového učení pro proteinové inženýrství.
Ludovic, student doktorského studia Životní prostředí a zdraví, se nezalekne žádného dobrodružství a vědecký výzkum dobrodružstvím je. Pochází z malého francouzského městečka Saint-Avold a výzkumná témata RECETOXu ho nadchla natolik, že se do jihomoravské metropole přestěhoval. Ve své výzkumné práci se zabývá pesticidy a tím, jak znečišťují naše ovzduší. Za svůj výzkum získal ocenění Brno Ph.D. talent. Přestěhování do neznámé země s ještě neznámější jazykem je pro něj výzva, které nikdy ani minutu za svou vědeckou kariéru nezalitoval.
Ludovicu, znal jsi Brno, než jsi v Brně začal žít?
Abych byl upřímný, nevěděl jsem o Brně vůbec nic. Přijel jsem do Brna jen kvůli doktorandské pozici na RECETOXu. Měl jsem dva měsíce na přestěhování se. Musím se přiznat, že jsem přijel trochu naslepo, aniž bych si něco více zjišťoval. Jediné, co jsem věděl, bylo, že si musím vyměnit měnu. (smích) RECETOX a práci místních vědců jsem ale znal. Jsem opravdu rád, že jsem tady.
Kde jsi našel pozici doktoranda na RECETOXu?
Během magisterského studia nám učitelé ukázali online zdroje, kde hledat, pokud bychom chtěli pokračovat ve výzkumu. Existuje online databáze nabídek doktorandských pozic a každý den jsou tam zveřejňovány nové. Protože umím dobře anglicky, řekl jsem si, že nemusím pokračovat ve studiu ve francouzsky mluvící zemi, kde jsem studoval už přes 25 let. Ideální čas na změnu! (smích) Jsem v Brně od února 2020, tedy více jak dva roky.
Takže jsi hledal dobrodružství?
Ano, určitě. Chtěl jsem změnit prostředí, zažít nové věci a poznat nové lidi. Prostě správný čas zjistit, jak se věci dělají v jiném prostředí.
A jak vypadalo přijímací řízení?
Přihlásil jsem se a potom jsem měl on-line pohovor s komisí z RECETOXu, kde jsem poprvé potkal profesora Gerharda Lammela, mého školitele, a konzultantku doktorku Céline Degrendele.
A potom začala pandemie. Měl jsi možnost potkat se s kolegy nebo poznat město, než se vše zavřelo?
No, přijel jsem tři týdny předtím, než vypukla pandemie coronaviru. Měl jsem tedy nějaký čas na to, abych si prohlédl město nebo se seznámil s novými lidmi. Naštěstí jsem musel kvůli své výzkumné práci do laboratoře i během pandemie. Dokonce jsem i čas od času potkal kolegy, samozřejmě v bezpečné vzdálenosti. Vlastně mi to přijde až nesrovnatelné se současným životem.
Čím se zabýváš ve svém výzkumu?
To je dobrá otázka, protože můj vědecký zájem se v posledních letech výrazně změnil. To, co dělám nyní, se liší od mého původního vzdělání. Mám bakalářský titul z biologie a magisterský titul z ekotoxikologie a ekologie. Nyní se ale ve svém studiu zabývám chemií životního prostředí. Vždy mě zajímaly toxické látky v životním prostředí, protože jsou klíčovým faktorem pro zachování ekosystémů. Chemie mě už na škole bavila a trochu mě mrzelo, že se jí více nezabývám a výzkumná témata na RECETOXu byla natolik zajímavá, že jim nešlo odolat. A abych se vrátil k původní otázce. Moje odbornost souvisí s polotěkavými organickými sloučeninami, zejména pesticidy, a jejich "osudem" v atmosféře.
Posunul se tvůj výzkum po téměř dvou letech pandemických omezení kupředu?
Ano, můj výzkum se posunul výrazně kupředu. Můj hlavní projekt se jmenuje Pan-European Study of Pesticides long-range Atmospheric Transport (zkráceně PESPAT). Je to projekt, který jsme vypracovali interně tady na RECETOXu. Před pandemií jsme hledali partnery v rámci sítí pro monitorování ovzduší, a to se naštěstí povedlo. Naším záměrem bylo odebrat vzorky ovzduší ve stejnou dobu v celé Evropě, a to stejným typem přístroje. Cílem bylo zjistit přítomnost pesticidů v ovzduší v roce 2020 během období, kdy jsou pesticidy aplikovány. Celkem jsme získali 29 odběrných míst v 17 různých evropských zemích od jihu Španělska až po sever Norska. Odběrná místa byla velmi rozmanitá, pesticidy se ve spolupráci s kolegy měřily na polích, blízko moří a oceánů, na vrcholcích hor, a dokonce i za polárním kruhem na Špicberkách. Pesticidy nalezené na odlehlých místech na horách a v polárních lokalitách naznačují, že se přenáší daleko od místa použití.
Musím říct, že jsem na tento projekt velmi hrdý a jsem vděčný všem partnerům za jejich účast. I když jsme naši výzvu vyhlásili v historicky bezprecedentní době pandemie, měli jsme velké množství pozitivních ohlasů, ale bohužel se nemohli všichni potenciální partneři zapojit kvůli pandemickým opatřením v některých evropských zemích.
A v roce 2020 jsi získal cenu Brno Ph.D. Talent za svůj výzkum "Fate of currently used pesticides in the atmospheric environment". Co pro tebe toto ocenění znamená?
Na začátku jsem nevěděl, jak velký úspěch toto ocenění je. Dokonce i když mi přišli pogratulovat kolegové z RECETOXu, úplně jsem si neuvědomoval, jak je ocenění významné. Samozřejmě jsem měl radost, ale nepřikládal jsem mu velkou váhu. Teď už ale vím, že to není jen tak a Brno Ph.D. Talent je výjimečné ocenění, které dalo kredit mému výzkumném projektu, ocenilo moji práci a mě samotného jako mladého vědce. Velmi inspirativní bylo také setkání s ostatními držiteli ocenění. Každý z nich pracuje na zajímavém projektu a potkat se s nimi osobně a popovídat si o vědě bylo skvělé.
Musel tě někdo na ocenění Brno Ph.D. Talent nominovat?
Nikdo mě nenominoval, vyplnil jsem přihlášku s popisem svého projektu a vědecká komise ji posoudila. Dostal jsem zpětnou vazbu na svůj projekt od vedoucích vědců v oboru a finální skóre. Do každé kategorie (rozdělené podle oborů) vyberou mladé vědce s nejvyšším hodnocením. Tito jsou pozváni na ústní prezentaci, kde musíte během 7 minut vysvětlit vše, co jste napsali na 12 stranách své přihlášky na Brno Ph.D. Talent. To je asi vše.
Překvapilo mě, že tento grant každoročně žádá tak málo lidí z RECETOXu. A nevím proč, všichni tady mají zajímavé projekty a myslím, že stojí za to se o Brno Ph.D. Talent pokusit. Je to skvělá příležitost a možnost zkusit si, jak napsat návrh projektu.
Ve kterém roce studia je ideální se přihlásit na Brno Ph.D. Talent?
Je dobré vědět, že o tento grant můžete žádat pouze v prvním roce doktorského studia. A stojí to za to! Mladý vědec může získat 300 000 Kč. Myslím, že by to měl zkusit každý student prvního ročníku doktorátu. Je to fantastická příležitost!
Finanční částka je určena na podporu výzkumu?
Ne, peníze není třeba utrácet za výzkum. Je to uvedeno i ve smlouvě. Peníze jsou určeny pro mladého vědce a je na něm, jak je využije.
Otevřelo toto ocenění nové dveře ve tvé vědecké kariéře?
Ano, otevřelo a otevírá. Navíc chci odborné komisi dokázat, že si ocenění zasloužím. Dali mi cenu, protože ve mně a v mé práci něco viděli, takže mým cílem je teď dokázat, že měli pravdu, a že můj výzkum není jen jednorázová záležitost nebo omyl.
A když se vrátíme zpět k Brnu, co se ti na městě nejvíce líbí? Případně setkal ses s něčím, co tě zarazilo?
Líbí se mi zdejší pohodová atmosféra, v tom je Brno jedinečné a mám to tu rád. A co mě zarazilo? Pocházím z malého města a mám tendenci zdravit lidi na ulici, když jdeme proti sobě, i když se neznáme. Takže jsem to samozřejmě chtěl dělat i tady, ale nikdo mě nezdravil zpátky. Nebylo to něco šokující, jen snad neobvyklého. Musím říci, že Francouzi se možná zdraví trochu víc než Češi. (smích)
Jaké bylo seznamování se s městem během covidové pandemie? Přestěhoval jsi se na nové místo v tu opravdu nejméně ideální dobu.
Ano, to je pravda. (smích) Hodně jsem chodil pěšky a město jsem si oblíbil i tak. Mé procházky jsem pravidelně končil u katedrály sv. Petra a Pavla. Oblíbil jsem si tamní výhled na Brno.
Ve srovnání s francouzskými městy je Brno i velmi čisté. Byl jsem v Marseille na pracovní stáži od listopadu do prosince minulého roku, a i když bylo fajn být zpět ve Francii, nemile mě překvapilo, jak je město špinavé. V Čechách je určitě mnohem čistěji. Každopádně stáž ve Francii byla skvělá. Marseille je i tak úžasné místo a mám na stáž jen samé dobré vzpomínky.
Proč jsi jel na stáž právě do Francie?
V Marseille jsem byl šest týdnů. Ze začátku to byl kulturní šok, ale zvykl jsem si celkem rychle. Jel jsem tam na školení a dokončit dodatečnou analýzu vzorků projektu PESPAT. Byla to výborná příležitost pro můj výzkum, ale také pro můj osobní rozvoj.
A co česká kuchyně? Francouzská jídla jsou známá po celém světě.
Mám rád česká jídla. Novinkou pro mě bylo, že Češi jedí každý den polévku před hlavním jídlem. To jsem si velmi oblíbil. Mám rád, když je polévka součástí poledního menu. Ve Francii dostanete polévku jen jako hlavní chod. Celkově mi ale nic nechybí. No, jen snad dobrý croissant. (smích)
A co čeština?
Ze začátku to bylo složité. Ale dostával jsem rady, že se mám ptát mladých lidí, pokud se ztratím nebo nebudu něco vědět. Tak jsem to dělal! (smích) Samozřejmě v angličtině. Teenageři mi na začátku mého žití v Brně opakovaně pomohli. Navíc si myslím, že Češi umí dobře anglicky. Na začátku semestru jsem učil i naše studenty bakalářského studia a byli skvělí, komunikovali v angličtině úplně bez problémů!
A mým cílem je mluvit česky tak, abych dokázal konverzovat. Pravidelně chodím na kurzy češtiny a snad teda jednou budu mluvit plynule. Tak uvidíme...
Bavilo tě učit bakalářské studenty?
Moc mě to baví. Vždycky jsem chtěl zkusit učit a konečně se mi to splnilo! Učil jsem jeden z předmětů tzv. soft skills. A jestli budu mít příležitost tento předmět učit znovu, budu moc rád. Mluvím rád s lidmi a studenti vypadali, že je to se mnou dokonce i baví. Prezentace mám už připravené, tak proč ne.
Je v okolí Brna nějaké místo, které máš rád?
Nejvíce mě baví koupit si kávu s sebou a projít se po historickém centru. Nemám konkrétní místo, kam bych vždycky chodil. Město mě baví jako celek.
A co bude dalším krokem v tvém výzkumném projektu?
Většinu dat máme připravenou a já jsem začal pracovat na svém prvním autorském článku. Rád bych ho měl hotový do konce roku a pak se soustředil na psaní disertační práce. V srpnu budu mít také ústní prezentaci projektu PESPAT v Yorku (Velká Británie) na konferenci Pesticides Behaviour in Soils, Water and Air. Bude to jedna z prvních příležitostí, kdy představíme výsledky naší studie, a bude to také moje první konference "tváří v tvář". Moc se na ni těším.
Ludovicu, děkuji ti za tak příjemný rozhovor. Doufám, že se ti podaří splnit všechny tvé plány. Přeji ti hodně úspěchů ve vědě i v životě.
Jan Velecký je výzkumník z centra RECETOX. Ve své disertační práci se zabývá metodami strojového učení pro proteinové inženýrství.
Ivan Holoubek je jednou z ustředních postav, které v roce 1983 stály za založením nynějšího centra RECETOX. Letos na podzim vydal knihu a i jako emeritní profesor Masarykovy univerzity se nepřestává zajímat o dění kolem a nabízet svůj odborný pohled médiím.