Proteinový vědec Jan Velecký: Strojové učení může zazářit tam, kde už lidská představivost nestačí
Jan Velecký je výzkumník z centra RECETOX. Ve své disertační práci se zabývá metodami strojového učení pro proteinové inženýrství.
Bakalářské studium na RECETOXu bylo pro Elišku Kuchovskou odrazovým můstkem pro vědeckou kariéru. Za své výsledky v doktorském studiu dokonce získala cenu Masarykovy univerzity. Hlavním cílem její vědecké kariéry není ale sbírat ceny, ale skutečně pomáhat lidem, a to se jí rozhodně daří. Aktuálně pracuje na výzkumu poruch kognitivních funkcí mozku s těmi nejlepšími vědci v oblasti vývojové neurotoxikologie v německém Düsseldorfu.
Eliško, proč jsi šla studovat Ph.D. studium právě na RECETOX?
Už od mala mě zajímala environmentální témata a vliv látek okolo nás na životní prostředí a zdraví člověka. RECETOX v této oblasti nabízel nejlepší vzdělávací program v České republice, a tak jsem tam po gymnáziu zamířila. Cesta k Ph.D. studiu na RECETOXu však vedla oklikou přes Francii, kam jsem odešla studovat magistra na Univerzitu v Bordeaux. Při mých pracovních stážích ve Francii jsem se seznámila se svými budoucími Ph.D. vedoucími. Financování Ph.D. studia je však ve Francii velmi kompetitivní, zúčastnila jsem se proto výběrového řízení pod Francouzskou ambasádou v Praze, která financuje česko-francouzské vědecké spolupráce - tzv. cotutelle neboli doktorát pod dvojím vedením. Jako českou partnerskou laboratoř jsme přirozeně oslovili RECETOX, na nějž jsem měla skvělé vzpomínky. Součástí výběrového řízení na ambasádě bylo sepsání a prezentace výzkumného projektu, který jsme společně s francouzskými vedoucími Patrice Gonzalez a Bénédicte Morin a českým vedoucím Luďkem Bláhou navrhli tak, aby spojil zájmy obou laboratoří.
Co bylo tématem Tvého doktorského výzkumu?
Zaměřili jsme se na vliv aktuálně používaných pesticidů a jejich směsí na vývoj necílových vodních organismů. Koncentrace pesticidů ve vodách by neměla překračovat jistou hranici dle příslušných legislativ, avšak dlouhodobá expozice i nízkým koncentracím těchto látek může mít vliv na vývoj organismů. Embrya, či larvy ještě nemají tak dobře vyvinuté orgány a imunitní systém jako dospělci, aby se zvládli účinně bránit. Navíc je vývoj sérií různorodých dějů velmi citlivých k vnějším vlivům, ať už se jedná o teplotu nebo kontaminaci látkami jako jsou pesticidy. Ty pak ve vodách degradují v metabolity, které mohou být mnohdy toxičtější než samotná aplikovaná látka. Všechny tyto substance vytváří ve vodách společně koktejl a jejich výsledný efekt na organismy může být i mnohonásobně vyšší. Zatímco při mém studiu na RECETOXu jsem si jako modelový organismus vybrala sladkovodní rybku danio pruhovanou, ve Francii jsme zvolili ústřici velkou. Ústřice je totiž typickým živočichem Arcachonského zálivu, kde jsem prováděla terénní experimenty a po dobu několika dní měřila vývoj larviček ústřic v různých částech zálivu s různým zatížením pesticidy, např. při ústí řeky do zálivu, která přinášela splachy pesticidů z okolních vinic a polí, a naopak poblíž ústí zálivu do oceánu, kde byla voda méně zatížená chemickými látkami. V posledních letech jsou farmáři v zálivu méně úspěšní v odchovávání mladých ústřic a pesticidy jsou podezírány jako jedna z možných příčin.
Byla během Tvého doktorského studia nějaká výzva, které jsi musela čelit?
Vždy mi přišlo náročné komunikovat svůj výzkum neodborné veřejnosti a popularizovat vědu. Ač je to velmi důležité, bohužel se to za studií nevyučuje a každý si k tomu musí najít cestu sám. Ke konci studia jsem se například zúčastnila soutěže MT180 pořádané Francouzským Institutem v Praze, kde člověk musí představit svoje téma laickému publiku ve francouzštině, v pouhých 3 minutách a za pomoci jednoho slidu. To vše jednoduše a rychle, ale přesto jasně, přesvědčivě a ideálně i zábavně. Byla to pro mě rozhodně neobvyklá zkušenost. Vědci by se ideálně do popularizačních aktivit měli vrhat častěji, a to již za studií, neboť následky špatné či málo časté komunikace vědeckých poznatků vídáme v každodenním životě. Typickým příkladem je třeba klimatická změna, i když zde špatná komunikace samozřejmě není jediným faktorem.
Co bylo náročné na studiu ve dvou evropských zemí zároveň?
Největší výzvou bylo se každého půl roku stěhovat, neboť jsem z podstaty cotutelle musela vždy trávit půl roku v České republice a půl roku ve Francii. Skloubit komunikaci mezi oběma univerzitami a najít kompromisy v jejich rozdílných nárocích, např. na závěrečnou obhajobu, byl též oříšek. I přes to bych ale do toho šla určitě znovu a nic neměnila!
V prosinci 2021 jsi získala Cenu prorektorky za excelentní studijní výsledky v doktorském studiu. Je to skvělý úspěch – gratulujeme! Co to pro Tebe znamená?
Díky! Z ceny mám velikou radost. Běžně mě k práci motivuje touha svými výsledky pomoci zlepšit životní prostředí nebo lidské zdraví, cítím silnou společenskou odpovědnost. I díky ceně vím, že svoji práci odvádím kvalitně a má smysl a popohání mě ještě více kupředu. Mám radost, že všechny ty celodenní experimenty byly v konečném důsledku oceněny, aneb když se vám embryo za 48 hodin vyvine, tak není moc času na spánek. Zde se jistě pozná většina Ph.D. studentů. :-D Ráda bych poradila všem studentům, že se vyplatí být proaktivní a chytit se každé šance, kterou svět nabízí a cestovat a poznat, jak se dělá věda mimo Českou republiku.
Doktorské studium jsi úspěšně ukončila v podzimním semestru 2020. Od května 2021 jsi postdoktorandkou na Leibniz Research Institute for Environmental Medicine v německém Düsseldorfu. Proč jsi se rozhodla pro pokračování své vědecké kariéry právě tam? Co Tě motivovalo?
Věděla jsem, že chci pokračovat v oblasti environmentální toxikologie v zahraničí, přičemž hlavním kritériem bylo najít si práci, která bude užitečná pro společnost a tím mě dělat šťastnou. Náplň práce, její impakt a výzkumný tým pro mě byly důležité faktory při hledání. Přiznám se, že na místě samotném mi příliš nezáleželo. Když jsem inzerát uviděla, nebylo nad čím přemýšlet – vývoj lidského mozku je nesmírně fascinující a snažit se přijít na to, které chemikálie ovlivňují jeho vývoj a jakým způsobem, je splněný sen. Jsem velmi vděčná, že můžu patřit do týmu profesorky Ellen Fritsche, která patří mezi úzkou skupinku nejlepších vědců v oblasti vývojové neurotoxikologie a je v oboru prakticky od jeho zrodu.
A co tedy Tvůj aktuální výzkum?
Mým tématem jsou poruchy kognitivních funkcí vzniklé při vývoji mozku. Typicky například fetální alkoholový syndrom způsobený vystavením plodu alkoholu, ale i další vady jako dyslexie či autismus, kde příčina není tak jasně objasněna. Snažím se přijít na to, jak a které látky z každodenního života ovlivňují procesy probíhající při vývoji mozku a mohou vést ke zhoršení kognitivních funkcí projevující se nižším IQ, horší schopností řešit problémy, problémy s pozorností a podobně. Toto téma řeším v rámci projektu ONTOX, který je financován Evropskou unií v rámci Horizon 2020, a klade si za cíl předložit funkční a udržitelné hodnocení rizik chemických látek na lidské zdraví. Jedním z pilířů projektu je využití umělé inteligence, která tvoří modely integrující poznatky mechanistické, toxikologické a epidemiologické, fyzikálně chemické a kinetické. Tyto modely pak budou predikovat efekty látek na lidské zdraví, hlavně na vyvíjející se mozek, játra a ledviny. Projekt ONTOX je velmi striktní v nepoužívání laboratorních zvířat, a naopak klade důraz na nové inovativní metody, tzv. new approach methodologies, využívající lidské buňky a počítačové modely. Jsem šťastná, že se evropská věda odklání od testování na zvířatech, což je nejen neetické, ale mnohdy nesmyslné, protože člověk ve spoustě ohledech není 80 kilová myš. ONTOX je ještě spolu s dvěma dalšími připojenými projekty RISK-HUNT3R a PrecisionTOX vlajkovou lodí Evropy pro široké přijetí a používání nových alternativních neanimálních metod pro hodnocení rizik chemických látek na lidské zdraví.
Musela jsi projít výběrovým řízením? Jak náročné bylo?
Ano, jednalo se o dvoukolové výběrové řízení, vybraní kandidáti byli pozváni k online pohovoru s klasickými otázkami týkajících se jak potřebných vědeckých znalostí, tak řešení mezilidských problémů na pracovišti apod. Druhé kolo se kvůli pandemii nemohlo konat osobně, obdržela jsem tedy ráno jeden vědecký článek a měla jsem 4 hodiny na to ho pročíst, udělat z něj výtah na jednu normostranu, vytvořit o něm prezentaci a kriticky jej pak naživo oddiskutovat.
Jsi po profesní stránce v kontaktu i s vědci sídlícími v České republice? A odkud pochází lidé v Tvém současném týmu?
V týmu mám pouze německy mluvící kolegy, alespoň mám motivaci učit se německy. :-) Pracovní komunikace probíhá v angličtině. V kontaktu jsem zůstala s paní docentkou Klárou Hilscherovou z RECETOXu, se kterou jsme navázaly novou mezilaboratorní spolupráci ohledně vlivu thyroidního systému na neurovývoj mozku. Letos zde dokonce budeme mít na stáži jednu z jejích doktorských studentek.
Jaký je Tvůj život v Německu? Máš čas si užívat krásy města? Co bys nám doporučila ve městě navštívit?
Přiznám se, že prozatím mě to táhlo na výlety spíše do nádherného Nizozemska a frankofonní Belgie, jelikož je Düsseldorf kousek od hranic obou těchto států. I Düsseldorf však stojí za to navštívit, je to velmi moderní a kosmopolitní město, kde se dá lehce domluvit anglicky, jelikož pětina až čtvrtina obyvatel města jsou cizinci. Düsseldorf je zelené město plné parků, kde vám nad hlavou lítají hejna zelených papoušků alexandrů malých. Moje oblíbená část města je Little Tokyo, kde se nachází největší japonská komunita v Německu a najdete tu plno autentických restaurací, obchodů, ramen barů, knihkupectví a spoustu dalšího.
Máš aktuálně nějakého vědce nebo vědkyni, jehož práci sleduješ a je pro Tebe vědeckým vzorem?
Jedním z mých vzorů je Kateřina Falk, česká vědkyně žijící v Německu. Také sleduji fyzika Brian Cox a jeho zábavný BBC podcast The Infinite Monkey Cage. Též můžu doporučit vědecké podcasty Radiolab a Science Vs. Hodně obdivuji práci českých a slovenských vědců a studentů popularizujících vědu na Instagramu jako je Lucia Ciglar (kreslim_vedu), její infografiky jsou nádherné! A samozřejmě z mého oboru vývojové neurotoxikologie sleduji snad všechny důležité osobnosti, počínaje Ellen Fritsche, která se, profesionálně i lidsky, mezi moje vzory řadí bezesporu též.
Jaké jsou Tvé další vědecké plány?
Můj současný projekt poběží až do roku 2026 a poté se plánuji přesunout zpět do Brna. Přeci jen jsem s přestávkami mimo Českou republiku už od roku 2015. Ráda bych v budoucnu vedla svou vlastní výzkumnou skupinu. Bylo by skvělé zůstat v oboru vývojové neurotoxikologie, ale popravdě mi stačí ke štěstí pracovat na takovém projektu v oblasti toxikologie, který je užitečný pro společnost, ať už se týká lidského zdraví nebo životního prostředí.
Eliško, velké díky za rozhovor, fotky ze života a neobyčejné nadšení pro vědu. Bylo mi velkým potěšením… Hodně štěstí do budoucna!
Jan Velecký je výzkumník z centra RECETOX. Ve své disertační práci se zabývá metodami strojového učení pro proteinové inženýrství.
Ivan Holoubek je jednou z ustředních postav, které v roce 1983 stály za založením nynějšího centra RECETOX. Letos na podzim vydal knihu a i jako emeritní profesor Masarykovy univerzity se nepřestává zajímat o dění kolem a nabízet svůj odborný pohled médiím.