Laboratoře analýzy mikrobiomu (MGL) je specializované výzkumné pracoviště, které poskytuje zázemí, odbornou podporu a vlastní analýzy mikrobiálních komunit v různých biologických systémech. MGL nabízí řadu služeb, včetně zpracování vzorků, extrakce NA, přípravy sekvenační knihovny a dalších molekulárně biologických analýz (genotypizace polymorfizmů, analýza genové exprese, ELISA atd.).
Core facilita zaměstnává odborníky v molekulární biologii, genetice a mikrobiology, kteří spolupracují s výzkumníky na navrhování experimentů generujících vysoce kvalitní mikrobiomová data. Pracovníci jsou zběhlí v široké škále technik analýzy mikrobiomu, včetně sekvenování genů pro 16S a ITS rRNA, celometagenomového sekvenování a analýzy cílových mikrobiálních druhů nebo genů. MGL také poskytuje podporu při odběru a zpracování vzorků, včetně optimalizace protokolů k odběrům vzorků a zajištění kontrol kvality při tomto procesu.
Díky řešení excelentních národních a mezinárodních projektů se v MGL podílíme na prohlubování našeho chápání mikrobiálních společenství, která obývají různé ekosystémy, včetně lidského těla, zvířat, modelů (organoidy, biofilmy) a vzorků životního prostředí (půda, voda, prach atd.). Poskytováním odborné podpory a zdrojů pomáhá core facilita výzkumníkům analyzovat mikrobiální data, identifikovat mikrobiální komunity a porozumět jejich roli v různých biologických systémech. V konečném důsledku může tato práce vést k nahlédnutí do prevence a léčby různých nemocí a ke zlepšení postupů environmentálního managementu.
MGL poskytuje interním i externím zákazníkům nejmodernější infrastrukturu, odbornou podporu a servis pro širokou škálu genomických aplikací. Jedná se o novou core facilitu výzkumné infrastruktury RECETOX, která se primárně zaměřuje na analýzu mikrobiálního genomu v environmentálních, zvířecích a lidských vzorcích, jsme však schopni provést i genomickou analýzu lidské DNA a RNA. Naši zkušení odborníci používají ověřené a standardizované postupy pro izolaci DNA, analýzu qPCR a přípravu sekvenační knihovny, včetně všech nezbytných kontrolních kroků. V rámci našeho týmu úzce spolupracujeme se specialisty v biomedicínské bioinformatice a biostatistice.
Naše laboratoře jsou plně vybaveny, disponujeme molekulárně biologickými laboratořemi (laminární flowboxy, termocyklery, zařízení pro gelovou elektroforézu, UV-Vis spektrofotometry, zobrazovací systémy, centrifugy a další), stejně jako mikrobiologickou laboratoří (inkubátor, mikroskop atd.). Máme přímý přístup k systémům Real Time PCR v centru RECETOX; naše laboratoř spolupracuje se sekvenačními základními zařízeními, která disponují technologiemi NGS (zařízení Illumina NovaSeq atd.), ale můžeme využít i sekvenátory Illumina NextSeq a MiSeq a Bioanalyzer nebo TapeStation na Masarykově univerzitě.
Core facilita je vybavena následujícím vybavením a expertízou:
Analýzy mikrobiomu
* Poznámka. Výsledkem analýz jsou soubory FastQ.
Petra Bořilová Linhartová Vám může poskytnout konzultace k designu experimentu, analýze a interpretaci dat, dále Vám dá potřebné informace k nabízeným metodám analýzy nebo konzultaci k naplánování vývoje nové metody.
Naše pracovnice mají dlouhodobou zkušenost s předáváním svých znalostí v oblastech jejich výzkumu. Školení jsou přizpůsobena potřebám zákazníka, převážně jsou zaměřena na přípravu vzorků, analýzu, seznámení s laboratorní technikou a interpretací dat. Školení je organizováno v laboratořích výzkumného centra RECETOX.
Přístup do laboratoří je umožněn akademickým uživatelům a výzkumným pracovníkům, včetně zástupců komerční sféry a průmyslu. Akademičtí uživatelé a výzkumní pracovníci mají přístup prostřednictvím projektu Open Access. Žádost o přístup je k dispozici na adrese: https://openaccess.recetox.cz/. Průmysloví uživatelé se mohou obrátit přímo na koordinátorku výzkumné infrastruktury RECETOX RNDr. Petru Růžičkovou, Ph.D. (openaccess@recetox.muni.cz), která zodpoví dotazy ohledně dostupných kapacit, expertízy a dalších podmínek spolupráce.
Pro vice informací prosím kontaktujte doc. Petru Bořilovou Linhartovou.
Vedoucí pracoviště Laboratoře analýzy mikrobiomu a Environmentální genomika
| telefon: | 775 393 703 |
|---|---|
| e‑mail: | petra.linhartova@recetox.muni.cz |
| www: | https://www.recetox.muni.cz/vyzkum/lide/doc-petra-borilova-linhartova |
Manažerka laboratoře
Petra pracuje na RECETOX RI jako manažerka laboratoře, specializuje se na analýzu mikrobiomu reprodukčního traktu a analýzu genové exprese. Je absolventkou oboru Biochemie na PřF MU, dříve pracovala jako výzkumnice na oddělení farmakologie a toxikologie, Výzkumného ústavu v.v.i., Brno. Na klinice reprodukční medicícny v Brně získala zkušenosti v oboru Embryologie a později pracovala jako manažerka logistiky reprodukčních buněk po celém světě.
Odborná pracovnice
Pavla pracuje na RECETOX RI jako specialistka na molekulární metody, věnuje se analýze mikrobiomu v klinických vzorků, metodice qPCR, vývoji nových metodik a jejich zavádění na pracoviště. Je absolventkou oboru Molekulární a buněčná biologie na PřF MU. Dříve pracoval jako vědecká pracovnice a kurátorka sbírky mikroorganismů na pracovišti České sbírky mikroorganismů, kde se podílela na taxonomické identifikaci bakteriálních kultur molekulárními metodami, převážně sekvenováním. Pět let byla zaměstnána jako poradce v oblasti ochrany proti biologickým zbraním pro Armádu ČR.
Technička laboratoře
Kačka pracuje na RECETOXu jako technička laboratoře Laboratoří analýzy mikrobiomu. Má na starosti běžný chod laboratoří a zároveň se také podílí na analýze mikrobiomu klinických a enviromentálních vzorků a qPCR analýzy. Je absolventkou magisterského oboru Molekulární a buněčná biologie na přírodovědecké fakultě Univerzity Palackého v Olomouci. Laboratorní zkušenosti získala prací na Ústavu experimentální botaniky AV ČR. Praxi získala také ve Fakultní nemocnici v Olomouci a to na Ústavu klinické a molekulární patologie a následně na Ústavu lékařské genetiky.
Administrátorka
Terezka na RECETOX pracuje na administrativně-technické pozici, podílí se na laboratorních analýzách mikrobiomu a rezistomu. Ve své diplomové práci v oboru Biochemie na PřF MU se zabývala studiem rezistomu u hospitalizovaných pacientů s inhalačním traumatem.
Bioinformatik
Vojta pracuje na RECETOX RI jako bioinformatik. Specializuje se na zpracování sekvenačních dat. Je absolventem programu Biomedicínské inženýrství a bioinformatika na VUT Brno a v oboru bioinformatiky pracuje na své doktorské práci. Kromě analýzy dat se věnuje i vývoji nových metod, výuce a vedení studentů. Zavádí a udržuje pipeliny pro zpracování experimentů a jejich vyhodnocení. Udržuje sadu nástrojů pro bioinformatiku a umožňuje hladký chod analýz v prostředí gridového počítání, tak aby byla zaručena reproducibilita výsledků.
Biostatistik
Honza je RECETOXím biostatistikem. Vystudoval statistiku a analýzu dat na PřF MU a na RECETOXu pokračuje v doktorském studiu. U projektu bývá na jeho úplném začátku, kdy pracuje na jeho designu, a pak na jeho konci, kdy vyhodnocuje získaná data, testuje hypotézy, vytváří tabulky, obrázky a reporty.
Vedoucí pracoviště Laboratoře analýzy mikrobiomu a Environmentální genomika
| telefon: | 775 393 703 |
|---|---|
| e‑mail: | petra.linhartova@recetox.muni.cz |
