Laboratoře analýzy mikrobiomu

Laboratoře analýzy mikrobiomu (MGL) je specializované výzkumné pracoviště, které poskytuje zázemí, odbornou podporu a vlastní analýzy mikrobiálních komunit v různých biologických systémech. MGL nabízí řadu služeb, včetně zpracování vzorků, extrakce NA, přípravy sekvenační knihovny a dalších molekulárně biologických analýz (genotypizace polymorfizmů, analýza genové exprese, ELISA atd.).
Core facilita zaměstnává odborníky v molekulární biologii, genetice a mikrobiology, kteří spolupracují s výzkumníky na navrhování experimentů generujících vysoce kvalitní mikrobiomová data. Pracovníci jsou zběhlí v široké škále technik analýzy mikrobiomu, včetně sekvenování genů pro 16S a ITS rRNA, celometagenomového sekvenování a analýzy cílových mikrobiálních druhů nebo genů. MGL také poskytuje podporu při odběru a zpracování vzorků, včetně optimalizace protokolů k odběrům vzorků a zajištění kontrol kvality při tomto procesu.
Díky řešení excelentních národních a mezinárodních projektů se v MGL podílíme na prohlubování našeho chápání mikrobiálních společenství, která obývají různé ekosystémy, včetně lidského těla, zvířat, modelů (organoidy, biofilmy) a vzorků životního prostředí (půda, voda, prach atd.). Poskytováním odborné podpory a zdrojů pomáhá core facilita výzkumníkům analyzovat mikrobiální data, identifikovat mikrobiální komunity a porozumět jejich roli v různých biologických systémech. V konečném důsledku může tato práce vést k nahlédnutí do prevence a léčby různých nemocí a ke zlepšení postupů environmentálního managementu.

Služby

MGL poskytuje interním i externím zákazníkům nejmodernější infrastrukturu, odbornou podporu a servis pro širokou škálu genomických aplikací. Jedná se o novou core facilitu výzkumné infrastruktury RECETOX, která se primárně zaměřuje na analýzu mikrobiálního genomu v environmentálních, zvířecích a lidských vzorcích, jsme však schopni provést i genomickou analýzu lidské DNA a RNA. Naši zkušení odborníci používají ověřené a standardizované postupy pro izolaci DNA, analýzu qPCR a přípravu sekvenační knihovny, včetně všech nezbytných kontrolních kroků. V rámci našeho týmu úzce spolupracujeme se specialisty v biomedicínské bioinformatice a biostatistice.
Naše laboratoře jsou plně vybaveny, disponujeme molekulárně biologickými laboratořemi (laminární flowboxy, termocyklery, zařízení pro gelovou elektroforézu, UV-Vis spektrofotometry, zobrazovací systémy, centrifugy a další), stejně jako mikrobiologickou laboratoří (inkubátor, mikroskop atd.). Máme přímý přístup k systémům Real Time PCR v centru RECETOX; naše laboratoř spolupracuje se sekvenačními základními zařízeními, která disponují technologiemi NGS (zařízení Illumina NovaSeq atd.), ale můžeme využít i sekvenátory Illumina NextSeq a MiSeq a Bioanalyzer nebo TapeStation na Masarykově univerzitě.

Core facilita je vybavena následujícím vybavením a expertízou:

Laboratorní analýzy

Analýzy mikrobiomu

  • izolace NA z mikrobiálních kultur, environmentálních, zvířecích a lidských vzorků
  • příprava knihovny pro 16S/ITS rRNA amplikonové sekvenování* pro analýzu bakteriomů/mykobiomu v matricích s vysokým/nízkým množstvím mikrobiální DNA
  • příprava knihovny pro sekvenační analýzu bakteriálních/houbových kultur (sekvenování celého genomu, WGS)*
  • příprava knihovny pro metagenomické sekvenování Shotgun (sekvenování celého metagenomu, WMGS)*
  • detekce DNA zvybraných ústních a střevních bakterií a jejich kvantifikace DNA metodou qPCR (single/multiplex qPCR analýza)
  • vývoj specifického plexu dle přání zákazníka Analýzy lidského/zvířecího genomu/transkriptomu/proteinů
  • SNP genotypizace metodami založenými na PCR - analýza genové exprese metodami založenými na PCR - single/multiplex ELISA

* Poznámka. Výsledkem analýz jsou soubory FastQ. 

Konzultace

Petra Bořilová Linhartová Vám může poskytnout konzultace k designu experimentu, analýze a interpretaci dat, dále Vám dá potřebné informace k nabízeným metodám analýzy nebo konzultaci k naplánování vývoje nové metody.

Stáže

Naše pracovnice mají dlouhodobou zkušenost s předáváním svých znalostí v oblastech jejich výzkumu. Školení jsou přizpůsobena potřebám zákazníka, převážně jsou zaměřena na přípravu vzorků, analýzu, seznámení s laboratorní technikou a interpretací dat. Školení je organizováno v laboratořích výzkumného centra RECETOX.

Přístup

Přístup do laboratoří je umožněn akademickým uživatelům a výzkumným pracovníkům, včetně zástupců komerční sféry a průmyslu. Akademičtí uživatelé a výzkumní pracovníci mají přístup prostřednictvím projektu Open Access. Žádost o přístup je k dispozici na adrese: https://openaccess.recetox.cz/. Průmysloví uživatelé se mohou obrátit přímo na koordinátorku výzkumné infrastruktury RECETOX RNDr. Petru Růžičkovou, Ph.D. (openaccess@recetox.muni.cz), která zodpoví dotazy ohledně dostupných kapacit, expertízy a dalších podmínek spolupráce.

RECETOX Open Access system

Kontakt

Pro vice informací prosím kontaktujte doc. Petru Bořilovou Linhartovou. 

Lidé

Mgr. Petra Brenerová, Ph.D.

Manažerka laboratoře


Petra pracuje na RECETOX RI jako manažerka laboratoře, specializuje se na analýzu mikrobiomu reprodukčního traktu a analýzu genové exprese. Je absolventkou oboru Biochemie na PřF MU, dříve pracovala jako výzkumnice na oddělení farmakologie a toxikologie, Výzkumného ústavu v.v.i., Brno. Na klinice reprodukční medicícny v Brně získala zkušenosti v oboru Embryologie a později pracovala jako manažerka logistiky reprodukčních buněk po celém světě.

Mgr. Pavla Holochová, Ph.D.

Odborná pracovnice


Pavla pracuje na RECETOX RI jako specialistka na molekulární metody, věnuje se analýze mikrobiomu v klinických vzorků, metodice qPCR, vývoji nových metodik a jejich zavádění na pracoviště. Je absolventkou oboru Molekulární a buněčná biologie na PřF MU. Dříve pracoval jako vědecká pracovnice a kurátorka sbírky mikroorganismů na pracovišti České sbírky mikroorganismů, kde se podílela na taxonomické identifikaci bakteriálních kultur molekulárními metodami, převážně sekvenováním. Pět let byla zaměstnána jako poradce v oblasti ochrany proti biologickým zbraním pro Armádu ČR.

Mgr. Kateřina Navrátilová

Technička laboratoře


Kačka pracuje na RECETOXu jako technička laboratoře Laboratoří analýzy mikrobiomu. Má na starosti běžný chod laboratoří a zároveň se také podílí na analýze mikrobiomu klinických a enviromentálních vzorků a qPCR analýzy. Je absolventkou magisterského oboru Molekulární a buněčná biologie na přírodovědecké fakultě Univerzity Palackého v Olomouci. Laboratorní zkušenosti získala prací na Ústavu experimentální botaniky AV ČR. Praxi získala také ve Fakultní nemocnici v Olomouci a to na Ústavu klinické a molekulární patologie a následně na Ústavu lékařské genetiky.

Mgr. Terezie Slámová

Administrátorka


Terezka na RECETOX pracuje na administrativně-technické pozici, podílí se na laboratorních analýzách mikrobiomu a rezistomu. Ve své diplomové práci v oboru Biochemie na PřF MU se zabývala studiem rezistomu u hospitalizovaných pacientů s inhalačním traumatem.

Ing. Vojtěch Bartoň

Bioinformatik


Vojta pracuje na RECETOX RI jako bioinformatik. Specializuje se na zpracování sekvenačních dat. Je absolventem programu Biomedicínské inženýrství a bioinformatika na VUT Brno a v oboru bioinformatiky pracuje na své doktorské práci. Kromě analýzy dat se věnuje i vývoji nových metod, výuce a vedení studentů. Zavádí a udržuje pipeliny pro zpracování experimentů a jejich vyhodnocení. Udržuje sadu nástrojů pro bioinformatiku a umožňuje hladký chod analýz v prostředí gridového počítání, tak aby byla zaručena reproducibilita výsledků.

Mgr. Jan Böhm

Biostatistik


Honza je RECETOXím biostatistikem. Vystudoval statistiku a analýzu dat na PřF MU a na RECETOXu pokračuje v doktorském studiu. U projektu bývá na jeho úplném začátku, kdy pracuje na jeho designu, a pak na jeho konci, kdy vyhodnocuje získaná data, testuje hypotézy, vytváří tabulky, obrázky a reporty.

Mgr. Eva Budinská, Ph.D.

Externí konzultant - analýza dat


Bez popisku

doc. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA

Vedoucí pracoviště Laboratoře analýzy mikrobiomu a Environmentální genomika

telefon: 775 393 703
e‑mail:

Fotogalerie

Bez popisku
Bez popisku
Bez popisku
Bez popisku

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info